在加尔文带领下，教会法庭订立条规，可以完全管制日内瓦市民的生活，使日内瓦成为基督化城市一一一个“上帝之城”；地方政府则将教会法庭所订的条规付诸实行。
加尔文晚年最大的成就，是创办日内瓦学院（Geneva Academy），这是第一间复原教大学。
加尔文深深体会教育的重要，从研经中，他清楚看见神的荣耀不只在拯救灵魂，全世界都属乎神，连人与人之间的相处都是神所关心的；因此，无论是政府人员、医生、律师或其它行业，都需有认识神、荣耀神的教育。
这所大学的经费，没有靠贵族捐赠，而是来自日内瓦市民节衣缩食的奉献。
加尔文谨慎挑选师资，因此，自公元1559年学校一开始，就拥有最高声望。
开办后不久，就有九百名来自欧洲各地的男生注册入学。
过不久，就收到法王给日内瓦的警告信，抗议所有传道人都来自这间“复原教总部”。
伯撒（Beza）被聘为日内瓦学院第一任院长。
他是加尔文在部日读书时，在武尔玛门下结识的一位十二岁男孩。
伯撒不但成为加尔文的得力助手，而且在加尔文死后，担任日内瓦改革宗教会牧师，达四十年之久。
公元1559年，加尔文出版了“基督教原理”第三次修订版，这是该书的最后一版，内容是1536年第一版的五倍。
藉着日内瓦学院训练出来的人、教会的行政制度、著作（尤其是基督教原理及圣经注释），以及与欧洲各地领袖人物的书信来往；加尔文在到处都有跟从者，他的影响远及义大利、匈牙利、波兰及西德各地。
这位加尔文，本来不过是个传道人和神学教授，却发挥了超国际的影响力；他使福音之光，从日内瓦小城照射到欧洲各角落，加尔文成为唯一的国际改教运动者。
更令人吃惊的是：加尔文的身体羸弱，经常在病痛缠磨之中。
他能完成这么艰巨的事工，主要是因为神与他同工；而强烈的意志力，使他能超越所有的困难与残缺。
公元1564年五月二十七日，加尔文鞠躬尽瘁而死，享年不到五十五岁。
他的标志是“一只手捧着一颗火热的心”；他的座右铭是：“主啊，我心为你而献，快速地！
至诚地！”
加尔文的一生，就是遵照这座右铭而活。
